希干希纳区的人们为了保护自己不受巨人吞食，特地建造了四周高达五十公尺的城墙，百年来因此过得很平安，但艾连满心向往外面的世界，对宁可像家畜般在墙内苟且偷生的人们感到不以为然，没想到巨人们这一天真的摧毁了城墙，还当着艾连的面吞噬了母亲
由于巨人的入侵，希干希纳地区的居民生活遭逢巨变，夹杂在悲鸣与怒吼声下，人们不断逃窜，却也无能为力，最后幸存的人搭船逃到罗塞之墙内。 亲眼见到母亲被吞噬的艾连，在汉尼斯的拯救下逃离后，内心燃起熊熊大火，誓言要打倒巨人。
为学会杀巨人最有效的手段“立体机动术”而加入训练兵团的艾连、米卡莎、阿尔敏，在基斯教官的严格训练下，与来自不同出身地和不同观念的同僚们，逐渐建立起同袍感情，但艾连却不如米卡莎等人，在控制姿势训练中失败了。
加入训练兵团三年，在基斯教官的严格训练下，艾连和米卡莎、阿尔敏终于要毕业了，但艾连却发现学会“立体机动术”等杀巨人的技术，竟同时也是让自己远离巨人到安全圈去的技术，因为成绩高的人，将被派到内地的宪兵团里，在国王底下负责维持秩序。
希干希纳区的惨剧发生后五年，艾连又遭遇到当年毁掉玛利亚之墙的巨人，于是立刻发动立体机动装置，想攻击巨人的要害，但巨人却在一阵蒸气中消失无踪。由于城门已被攻破，为预防巨人们的第二波进军，艾连们淮备展开防卫殊死战。
34班的同伴们纷纷倒在眼前，就连艾连也为了救阿尔敏而被巨人吞下，残酷的事实让阿尔敏无法接受。 另一方面的米卡莎，为了救正在逃难中的居民，冷静地压制了商会会长，同时也回想起与艾连相识的悲惨情景来。
阿尔敏等人因为立体机动装置快用完燃料无法登墙，正好米卡莎赶来了，提议大家赶往补给部队所在的本部补充燃料，还率先采取行动，却因为得知艾连丧生的消息内心动摇并失去冷静，在面对巨人时，更丧失了求生意志。
阿尔敏提议诱导救了米卡莎的巨人前往驻扎兵团，好杀了其他群聚一起的巨人，于是在柯尼的掩护下，米卡莎朝向驻扎兵团前进。另一方面，约翰等人也一边与巨人们交战，一边朝著目标前进，最后抢在米卡莎之前到达本部。
人类与巨人在托洛斯特区展开一场死斗，而在阿尔敏面前被巨人吞下的艾连，竟化身为巨人来救人类，还反过来杀了钗h巨人，却也因此吓倒众人，更让率领驻扎兵团的基斯因为不相信他，而命令枪口对淮艾连及护著艾连的米卡莎与阿尔敏。
南侧领土的最高负责人皮克西斯司令，指示驻扎兵团展开托洛斯特区夺回作战，企图让艾连巨人化后搬运大石封住被毁的城门，而在巨人们不断入侵进来的此刻，更显作战的重要性，艾连也决定成为大家的希望。