就在后金撤退以后，朱由检为了加紧部署围剿农民军。令洪承畴担任河南总督负责围剿河南起义军又升孙传庭为陕甘边总督负责围剿巴蜀起义军，又给湖北墨舟下达命令准备执行卢象升的拉网战略。
即洪承畴集结明军精锐由开封南下向西运动将林云起义军流窜到信阳一线直接与墨舟部队南北夹击歼灭在信阳。
陕西孙传庭方面则发起汉中之战继而攻克汉中一举配合云南沐家收复四川，为防止大西军逃窜令墨舟留一部三万兵力正面在湘西牵制大西军，其余主力则从长江西岸入重庆展开围剿，一举堵住大西的出逃之路。
此时崇祯帝打算变法，就在各部执行对大西的战略之际，朱由检召见孙承宗询问变法之事。
朱由检打算效仿商鞅，进行商鞅变法，
改革。他决定将变法推广到全国范围内。变法最大的难题就是没有一个合适的人选去执行变法。因为大明的人才都集中在陕西和湖广，这两地缺乏政治人才，所以变法的成功性不足百分之九十九。朱由检也清楚这一点。所以，他打算让孙承宗去做这件事，他相信以孙承宗的学识和才干肯定能完成这项艰巨的任务。
变法主要内容有
两项，一个是变法，一个是制裁。制裁的内容是改革，变法则是改革。变法的主要内容包括了：第一项是改革，改革就是改变官吏的阶级地位，使得阶级地位提升起来，而不再是依附于商人，商人也会依赖阶级地位而。第二项是改革，改革就是对阶级地位进行清洗。这项工作的难度比较大，毕竟官吏的级别和品级都太高了。将商人集团直接杀绝，抄了他们的财富，抽了他们的税。所谓官僚阶级就是将官员集团彻底打压，然后逐渐削弱官僚阶层。在朱由检看来，变法的最大阻碍其实并非阶级地位。而是人才，官员阶级是一个体系的基石，而人才的培养则更需要资源。所以朱由检要将官员阶级清除，同时削弱官僚阶级，以减轻官僚阶级的影响力。当初，朱由检就是利用变法打压商贾阶级，同时将官吏阶级清扫。这样做的弊端是很大的，那就是官僚阶层在变法中的作用太大了，这会影响到官场形势的稳定，会使得大明朝廷出现混乱，甚至是崩溃。不过朱由检相信以孙承宗的才华和才能，他一定可以做到。所以朱由检在孙承宗来京城之前便下令孙承宗调集兵马在京城驻扎防止叛乱。
4月，变法开始后，孙承宗带兵抄了京城的商人，
将他们手上的商铺、田产、土地等全部充公，使得京城的商人、士绅们失业了。而且他还让他的心腹将商人的家属、亲朋好友抓走。这使得京城的商人、士绅们惶恐不已。群臣炸锅了纷纷反对，上书说这样会毁了大明。
朱由检听到上书说会毁了大明，当即怒火冲天，拍案而起道：“你们以为朕不知道，你们不就是担心变法吗？不就是担心钱财会被官府侵吞，所以不希望朕变法吗？！现在朕就告诉你们。朕要变法！朕要让大明的百姓过上富裕的生活！朕已经下旨，将京城的商人家眷以及亲戚家的田庄等土地全部征收。你们若是再敢反抗，休怪朕无情！“众臣见朱由检态度坚决只好闭嘴。但是众臣也没有放弃，继续在朝堂上上书劝谏，“皇上，臣建议您立刻收回成命，否则这样做会损坏大明的根基，甚至会危及皇位。““对啊！皇上，臣认为应该暂时停止变法。““皇上，臣以为不妥。““臣认为这样做是错误的。“朝堂上一片吵闹声。朱由检听得烦闷异常，他冷哼了一声，说道：“都给朕闭嘴！不想死的就给朕安静！朕已经下旨，谁要是再敢反抗朕。就不必进宫见朕了。“朱由检说罢就站了起来拂袖而去，大殿中顿时鸦雀无声，众人不敢多说一句话。孙承宗在一旁默不作声，此时他内心非常激动，因为他看到朱由检的决心了，这是要变法啊！孙承宗知道，变法一旦成功必将震惊天下。朱由检走了一会儿，忽然停下脚步。转身看着孙承宗说道：“孙爱卿，这几天你辛苦了。“孙承宗急忙躬身说道：“微臣为陛下分忧是微臣应该做的。陛下，这几日微臣正在整理变法的内容。相信不久后就能够完成。“朱由检点了点头。孙承宗又说道：“微臣已经整理出一份变法纲要，微臣认为可以交给陛下审阅。““哦？“孙承宗拿出了一张纸递给朱由检。朱由检打开一看，顿时眼睛瞪圆了，只见纸上列出了变法的诸多细节，这些细节都是朱由检不曾注意的地方，朱由检一边翻看，一边赞叹道：“孙爱卿，你这份纲要很详尽啊！朕都没有看过这份纲要，没想到孙爱卿你已经将变法的内容弄的如此透彻，真乃朕的贤臣啊！“孙承宗笑着谦虚的说道：“皇上，这都是为了大明着想，为了让天下人过上幸福生活。这篇变法纲要可谓是一箭双雕啊！“朱由检哈哈大笑，连声称赞道：“不错，不错！孙爱卿，这份纲要写的太好了。
此时紧急奏本，不好了东城发生了叛乱，报不好了天津卫反了，
失守，报不好了山东发生了暴乱......““什么？！东城发生了暴乱？！山西发生了暴乱？！“朱由检一脸愕然，一脸惊讶的看着孙承宗。“对啊。东城发生了暴乱，这都才五天，一直都没有消息传来。
陛下，大臣们集体到宣政殿要求处死孙承宗，
孙承宗跪倒在地，一脸悲愤的恳求着朱由检。陛下，臣意识到这变法是错误的，请放了他们
吧，他们不能因为一己私欲而毁了大明的根基！臣知道这次是臣错了，臣愿意领罪。““领罪？你领什么罪？“朱由检冷笑道。“陛下，臣以为变法应该停止，如果变法成功的话，会对整个大明造成极大的伤害，会导致整个大明朝纲动摇。“孙承宗跪拜在朱由检脚下恳切的说道。“哈哈哈......孙承宗啊孙承宗，你可知道你这番话会引来什么样的结局吗？！你这是造反！你这是要背叛朕啊！“朱由检指着孙承宗的鼻子破口，不变根本无法救大明，起义军还是会卷土重来关外后金还是会入关的！而变法只要成功了，他就能保住大明！“臣......臣......臣......臣没有造反，臣......“朱由检一巴掌扇在孙承宗脸上，孙承宗顿时跌坐在地，捂着脸痛呼。朱由检发泄怒火后，冷静下来如果这次妥协将来一定会被东林党所傀儡，到时候就麻烦了。朱由检不能让东林党掌控大明的朝政。孙承宗爬起来说道：“臣知错，臣不该提这茬，臣这里还有一份变法的纲要。“孙承宗急忙拿出另外一份文书呈给了朱由检，孙承宗心里很清楚，他这份文书的价值比刚才的文书更大。孙承宗递上去文书，朱由检一脸疑惑的接过文书，打开仔细读起。孙承宗看到朱由检在阅读，于是悄悄退了下去，等待朱由检的召见。一盏茶后，朱由检看完了变法的所有内容。至于群臣跪谏让他们先跪着。朱由检却并未下旨让他们退下。而是一脸凝重的思索起来。他的脸色也随着文章的阅读变幻莫测。“孙爱卿，这篇文章写的确实很不错。
论变法
一、
变法不应该是在朝堂上讨论，而是在民间。民间可以自主选择变法，可以组织民团，可以在任何时候任何场合都可以组织。但绝不能在大街上，在朝廷官员面前表演变法的内容。二、变法不可以以武力强行推广，应该适当的采取一些温柔手段，不能以暴力解决问题。三、变法不应该用刀剑和杀戮来威胁人民，更不应该用暴力来逼迫人民。四、变法要采用各种手段，不可以用暴力来镇压人民。不管是什么，一定要用和平的手段，让老百姓们感受到和平的美好。五、变法应该通过文学，通过科举考试来进行，不应该用武力强加于人，要让百姓知道我大明是个讲究科举的时代。
朱由检阅完后，怒道：那该怎么变法！
怎么才能够让百姓们感受到和平？“孙承宗听到朱由检的怒吼声后，吓的心跳差点停止。他急忙低下了头，一声也不吭。“朕让你回答朕的问题，你却不回答。“朱由检见孙承宗沉默了，怒骂道。孙承宗抬起头，看向朱由检，低声说道：“陛下，孙承宗以为变法应该以治国之道为主。变法首先是改善人民的饮食，改善民生。变法可以让民间的百姓们知道朝廷对他们都是很好的。变法应该让他们明白大明是世界上最强大的王朝，让他们知道……。
朱由检龙颜大怒！滚！
朕不想再看到你！“孙承宗吓的急忙磕头离开了御书房。朱由检看到孙承宗离开后，心里越发恼火，他觉得自己的权利受到了侵犯。孙承宗的意见是对的，但是在朱由检看来却是错误的但是不管那么多了！
他决定不再继续任用孙承宗，孙承宗的所作所为让他感到深深地厌恶。“孙承宗啊孙承宗，朕原本以为你忠心耿耿，没有想到，你居然会背着朕做出这样的事情来！朕现在终于知道为什么朕会败给李自成了，就是因为李自成比孙承宗聪明，比孙承宗狡猾，孙承宗虽然也是一员猛将，但他太过鲁莽，做事总喜欢按照自己的想法来做，而且还总是喜欢将责任推卸到别人的身上，李自成做事谨慎，心机深沉，他从来不把任何人的命运放在眼中，他可以将你玩弄与鼓掌之间，你却拿他毫无办法！孙承宗，你真是愚蠢！“朱由检越想越气，他一拍桌子，大声喝道：“来人！来人！““奴婢在！“宫女急忙跑进来。朱由检一脸怒容，喝道：“将孙承宗打入天牢！““诺！“
至于群臣松了一口气孙承宗一路哀嚎着走进了大理寺。孙承宗在大理寺的牢狱中受尽折磨，他的衣衫破烂不堪，脸上血迹斑驳，头发凌乱不堪，浑身上下都带着伤痕，看上去非常凄惨。孙承宗在大理寺的牢狱里一呆就是半个月。