进入崇祯十六年以后，李自成、张献忠的实力越来越大，明军已完全没有力量扑灭农民军燃起的熊熊大火。
崇祯皇帝是个非常勤奋的皇帝，在位期间换了五十一个内阁大臣，杀了袁崇焕、陈奇瑜、陈新甲等朱明大臣，但国事越来越糟糕，眼看着李自成的大军扫平陕西、甘肃、宁夏、山西，一步步向北京逼近，而北京爆发了一场大规模的瘟疫，死掉的人填满了整个北京的街道，明军三大营本来就空缺严重，现在更是成了空营。
崇祯几次想调用旅顺军去对付李自成，但是在刘泽清事件后，刘泽清暗中收受了满清的银两支持，在京中大肆贿赂官员，成群的官员在朝堂上喋喋不休地上奏说旅顺军不但有反骨反心还有实力反叛，根本不能调来拱卫帝都。
一直到崇祯十六年十二月初，在台湾的朱明向北京递来一份奏章，禀报说从荷兰红毛夷人手中收复台湾，并开始大规模向台湾移民，现已在台湾设立七个县，从移民中选举出七个县令，希望朝廷能予以认可。
“什么？一个小小的总兵，竟然敢擅自设立县衙，并自立县令，反了，反了！”
“谋反！这是谋反！”
“此反贼居心叵测，比李闯逆贼还要可恶！”
崇祯皇帝还没说话，那些接受了刘泽清贿赂的朝臣们便跳起来大吵大闹，甚至有人不顾根本没兵可调的现实，嚷着说：“出兵，立即冲动王师大军去征讨，荡平那旅顺军！”
崇祯本来打算不管怎么样都好，先将旅顺军哄好，再调来和李闯逆贼拼命，至于台湾那个鸟不拉屎的偏僻地方，那个朱明爱怎么搞就怎么搞，他捏着鼻子承认算了。但朝臣们这样一嚷，崇祯心里叹了一口气：这条路又断了。
虽然是这样，但崇祯知道旅顺军并没有打算造反，如果要造反的，以旅顺军横扫清军八旗鞑子的实力，谁能挡得住他们？因此，崇祯心中一角还是留有一个碍于皇帝的面子而不想说出来的念想：到万不得已的时候要将旅顺军调来打李闯！
但是，到了十二月底时，情况有了新的变化。
尽管旅顺军和郑芝龙刻意封锁，但还是从福建传出不少的风言风语，说什么旅顺军和郑芝龙在海上狠狠地打了一仗，郑芝龙大败，被迫向旅顺军赔付千万两白银、两千多艘大海船。
千万两白银？
崇祯听到这个传言，摸了摸自己身上已打了补丁的龙袍，再看看陈旧的大殿，想起早已空空如洗的国库，并想如果自己现在有千万两白银，就能立即编练出一支十万人的强军来，先扫平李自成、张献忠，再出塞外荡平满清鞑虏。
不过，作为皇帝也只能想想罢了。
令人想不到的是，旅顺军又递来第二份奏章，这份奏章很长，半文半白的语句足足有五万字之多，在这个时代算是超长的奏章了。
而奏章中的内容可以用惊世骇俗来形容。
内阁大臣们只看了第一遍就不敢再看第二遍。
奏章的主要是建议改革大明王朝的政治制度，提出要设立大明帝国的宪法，皇帝与士民共同遵守宪法、共治天下，并逐步在各省、府、州、县实施长官选举制度，主要的细节是由当地的成年民众通过投票选举，在有秀才功名以上的人群中选出长老，组成各地的长老院，再由长老院投票从有进士功名的人中选出知县、知州、知府、巡抚等主要官员，再通过朝廷予以确定任命。各地长老院可以监督弹劾各地的官员，一旦通过弹劾，再通过朝廷予以罢免。
在朝廷级别，设立帝国长老院，帝国长老院由各地选出来的长老组成，通过民众选举的长老，需通过皇帝的认可和任命，长老院选出帝国首相，首相七年一届，不可以连任两届以上，首相代表帝国实施行政，首相提出的重大政策法令，需要长老院讨论通过予以颁行天下。
此外，大理寺升格为与首相平级的一个独立机构，各地也设立相应的大理寺，专门负责刑诉断案判决，首相和各级官府不得干涉大理寺的判决，大理寺最高大理官也由长老院在有功名的人群中选举出来，实施终身制，可以对皇帝之外的任何人进行审判。
奏章最后还说，这个过程非常漫长艰难，为了避免帝国政局震荡，可以用五十年的时间去完成，五十年以后，待条件成熟时，将实施全民直接投票大选帝国长老院的长老、首相和最高大理官，真正实现“皇帝与士大夫共治天下”。
崇祯忍住怒火看完后扔掉奏章，不顾仪态地从龙椅中跳起来：“荒唐！圣人教导的君君臣臣之道岂不就此扫地，这是要坏我国朝纲常伦理……”
千年以来，可曾有人敢说过如此的朝政改革？
这个奏章几乎是疯子一般的想法，如果真的付诸实施，官场中所有的既得利益将会全部失去，这是彻底大洗牌的局面，可以说是不但将皇帝得罪了，还把所有的仕林中人全得罪光了。
群臣都眼观鼻鼻观心，仿佛如老僧入定般没人敢说话，也没有人愿意说话，唯恐自己一说话，便被推去和旅顺军中那群疯子打交道。
出动大军征伐吧？
大军在哪里来，钱粮在哪里来？
口诛笔伐吧？
旅顺军那群疯子敢这样说，还会怕你的笔杆子？
其实，旅顺军的奏章，还赞扬了崇祯皇帝是华夏有史以来最勤奋的皇帝，还在其中有很大篇幅引经据典地摆事实讲道理，说华夏自秦始皇统一天下以来，每隔两百年左右不是自己内乱就是异族入侵，必然便大动荡一次，大明立国已延续两百七十六年，此时内患外忧，是因为吏治腐败、制度无力监督官员，导致百姓饿殍遍地而起事暴乱，非为皇帝一人勤奋之力可以改变，为了大明皇室、华夏文明永存于世，是到了进行制度变革求存的时候了。
崇祯皇帝当然有也看到了这些篇章，虽然他在朝会上大发雷霆，他却在心里却默默赞同奏章中关于的一些观点，朝会散去后，整个晚上不停念叨着旅顺军奏章中反复提到的一句话：“穷则变，变则通！”
但是，作为大明王朝的最高统治者，他并没有勇气进行这样惊天动地的改革，就算他敢进行改革，上天给他的时间也已不多了。
旅顺军没有得到朝廷对此奏章的回复，在军事上没有任何行动，只是将此奏章抄写印刷了十万份拿到各地读书人中去散发，多数读书人认为这是荒唐的、离经叛道的想法，但也有很多年轻的读书人仿佛在黑暗的现实中看到了曙光，一些人不远千里跋涉到连岛、琼崖、台湾去一探究竟，千方百计挤入旅顺军的团体中去，要实践旅顺军提出的理念。
大明朝廷得知此事，命令各地立即收缴这份奏章销毁，可是，政令连北京都传不出去，很多人原本不知道这个奏章，反而因为销毁这个奏章的命令知道了这个奏章的存在，从反面为其作了一个广告。
趁此机会，旅顺军又上了一道奏章。
这一道奏章词语更是犀利，不再留一点面子给崇祯皇帝，指出如果不立即进行改革，大明的民众将会抛弃大明王朝，大明即将灭亡，异族将乘虚而入，届时不但是大明灭亡， 而是“亡天下”，所有的华夏子民将为此付出沉重的代价，异族将强迫所有人“剃发留辫、易服改装”，几千年来华夏的优雅衣冠将不复存在。