随后，肖鹏飞调动本源之力帮助昊天武尊提升境界，没想到在本源之力的改造下，昊天武尊竟然直接被提升到了仙帝初期，远远超过了当初所说的洞仙之境，不仅让昊天武尊惊得目瞪口呆，就连肖鹏飞自己也倍感震憾。
他没想到本源之力竟有如此奇效，想到自己获得了秘界的本源之力，又打开了混元之境，顿时想到了飞天兽境中的混沌兽，更想到了自己与混沌兽的交易，于是动念之间，便将混沌曾从飞天兽境转移到了混元之境中的混元海。
当混沌兽突然被转移到混元之境时，先是愣了半天，待发觉自己所处的环境之后，不由大喜，顿时发出心念传音，向肖鹏飞连连感谢，并保证只要他有事需要帮忙，随时可以召唤于它，它会很开心地出来帮忙。
得了混沌兽的保证，肖鹏飞自然是笑逐颜开，从今以后，自己又有了一个强有力的打手，以混沌兽的实力，那可是一所向披靡的超级打手啊。
这时，肖鹏飞又想到了呆在乾坤袋空间的鲲鹏，自己此时的修为已经达到了玄灵师尊的层次，从修为层次上，已经超越了鲲鹏的层次，也是时候去接收它（或者说自己）的本体肉身了，若是能顺利地将之接收，与其合二为一，那么自己的实力必将更上一层楼。
主意打定后，便将昊天武尊转移至万倍时间流速的次元空间，让他先自行修炼，以便巩固刚刚提升的修为和境界，自己则告罪一声，一晃身，进入了鲲鹏所在的空间。
不提肖鹏飞融合鲲鹏本体的事，且说当日肖鹏飞被偷袭击落绝仙崖后，三界联军各自返回，回返各自驻地的各方势力，却发现平静的三界骤然形势大变，到处魔物泛滥，凶灵成灾。
就在三界联军与肖鹏飞等人在昆仑之巅对诀之时，天界妖皇、人界妖皇、鬼界妖皇均成就魔帝之身，功力妖法俱皆大成，三者意识合而为一，自称九天妖皇，宣布即日起三界一统，尽归麾下，并以大神通复活百妖门一干妖王，驱使这些妖王率领魔灵大军分别向三界大举进攻，凡人、鬼、仙三界中人，顺者昌，逆者亡，并开始诛除异己。
神州修真界四大宗门被打上门的诸位妖王软硬兼施，欲收为己用时，宣告了当初击杀各派弟子、毁灭宗祠的凶手乃是这所谓的九天妖皇，而并非肖鹏飞，欲以此镇伏各宗就范。
四大宗门这才知道当初果然冤枉了好人，中了妖皇的借刀杀人之计，个个悔不当初，若是肖鹏飞没死，以他的身手，应对这些魔物，实在不在话下，毕竟只有他以前有过独力应对魔灵的经验，并且大获全胜。可是此时肖鹏飞已被击落壁高万仞的绝仙崖，就算他法力再怎么高强，掉落崖下，被禁绝了法术，也是徒叹奈何，只有死路一条。
后悔归后悔，再后悔对当前的局面也没有丝毫的帮助，对于前来招降的妖皇门下，四大宗门拚死抵抗，可是妖皇早就留有后手，配合上次毁灭四大宗门宗祠时潜伏在各大宗门之内的暗棋，里应外合之下，四大宗门被各个击破，各派掌门的元婴皆被魔灵吞噬，最终四大宗门悉数沦陷。