六月初六，秦清离开玉青园，由司礼监大太监杨吕引导，从德胜门入，经承天门步入内殿，召见群臣，查看国库，此时大魏国库的存银已经不足百万。
秦清下令让户部尚书秦道远会同刑部尚书景修，追缴国库一应欠款以及被贪墨之银两，命杨吕清查皇帝内库银两。凡贪墨之人，严惩不贷。
秦清又下令：“敢有伤人及掠人财物妇女者杀无赦。敢有哄抬粮价、囤积居奇者杀无赦。重新开放漕运，调粮入京，平抑粮价，敢有从中贪墨私吞者杀无赦。”
秦清第三道命令是清查各部库存，如兵部、工部等衙门，都有自己的“私库”，其中牵扯的银钱都在百万之数，此事则由秦不二负责。
在秦家的四位门客中，秦不三和秦不四两人颠三倒四，不堪大用，可秦不一和秦不二却是颇有才具，完全可以胜任。
最后，秦清委派礼部尚书梅盛林和工部尚书霍四时准备登基祭天大典的一应事宜。
六月十五，秦清在帝京城外南郊举行登基大典，祭告天地，定国号为“玄”，寓意黑水起源之地和道门的别称玄门，建元太平，改“载”为“年”，册封白绣裳为皇后，立秦素为皇太女。
秦清并未大封功臣，他与群臣约定，待到一统天下，开得太平，再行论功行赏。
大玄太平元年，七月初五，秦清颁布《谕中原檄》，以兵部尚书秦襄为大将军，率军二十五万，南下中州、芦州、楚州、荆州。
如今辽东掌握了辽州、奉州、幽州、齐州、晋州、直隶等地，两京一十九州已得三分之一，若是能攻取中州、芦州、楚州、荆州等四州之地，便占据半壁江山，其余地方，传檄可定。
不过这四州之地，却并非没有抵抗之力。当日帝京之围，共有三路勤王大军，其中幽燕总督徐载元兵败身死，全军覆没，晋州被玄军顺势攻占。荆楚总督赵冰玉同样兵败身死，不过楚州、荆州、芦州等地因为距离遥远的缘故，并未被玄军攻占，待到赵良庚和燕王逃出帝京，两人会同秦中总督，于六月三十，拥立燕王世子徐载钧在江州金陵府登基称帝，改元永武，继续沿用“大魏”国号。
徐载钧登基之后，仍旧以赵良庚为内阁首辅，加封自己的父亲燕王为太上皇。
不过秦清不再承认大魏，所以大玄朝廷在徐载钧等人的称呼前加上了一个“伪”字，正如当初大魏朝廷称呼西北大周为“伪周”一般。徐载钧被称作“伪帝”、“伪永武帝”，以“伪魏”区分于“前魏”。因为其位于南方，许多人私底下称其为“南魏”小朝廷。
如此一来，天下间竟是有了三个帝王，分别是大玄朝廷秦清、大魏朝廷徐载钧、大周朝廷澹台云，不过明眼人都能看得出来，大玄朝廷占据帝京城，怀有“传国玺”，兵锋最盛，已有正统气象，却是其他两家不能相比。
不过南魏小朝廷也有几分底气，关键在于秦清和李玄都的均田赋之策，虽然得了百姓之心，却是大大得罪了各地士绅，哪怕道门击败了儒门，各地士绅仍旧是同仇敌忾，紧紧围绕在南魏朝廷周围，誓死不降。
道理十分简单，由俭入奢易，由奢入俭难，让这些士绅老爷们去做一个自食其力的普通百姓，还不如一刀杀了他们，他们自然要奋力一搏。
不过这种情况也在李玄都和秦清的预料之中，在两人看来，不怕这些士绅反抗，只怕他们不反抗。新朝事事都要把事情做在明处，力求光明正大，士绅们不反抗，新朝就必须按照规矩行事，丈量、清退土地，追缴欠税，如此下来，只是大士绅变成小士绅，可还是士绅。可如果士绅们反抗，那么性质就全然不同了，必须抄家灭族，其财产收归国库，土地分给百姓，解决问题更为彻底。
秦襄此番领军出征南魏四州之地，除了大玄将士的战力远胜南魏的残兵败将之外，还有一个关键，那便是这四州之地中都有道门势力，到时可以起兵呼应，而且清微宗的水军已经顺流而下，直奔大江入海口。
秦襄是沙场宿将，从收复西北到北伐金帐，再到南下入关，一生经历大小战事不下百余场，行事稳重，不会轻敌冒进，以二十五万大军配合水军齐头并进，又有道门和依附道门的各路世家暗中配合，在秦清看来，南魏小朝廷不足为虑。
在此期间，李玄都的精力则主要放在儒门身上，他不杀一众儒门大祭酒、山主，就是为了让这些大祭酒、山主来帮他稳定局势，毕竟以道门现在的力量，还无力在短时间内全面接手儒门留下的权力真空，仅就眼下而言，扶持一个听从自己命令的儒门来协助道门掌控天下，是最合适的办法。这也是李玄都主张三教合一的缘故，在三教合一的名义下，扶持儒门就显得顺理成章。
除此之外，就是李玄都关于进一步整合道门的谋划了。
张静修、李道虚、秦清三人在北邙山翠云峰上清宫祭天，重立道门，三人被尊称为掌教大真人，是为初步整合道门。
李玄都如今决定在三人基础上更进一步。
主要便是增设一位大掌教，又称掌教大真人，统领道门上下。大掌教不能实行继承制，不能以师徒、血缘、伴侣的关系进行继承，而是推选制，类似于上古时的禅让制。
在大掌教之下，设有三十六位真人和三位大真人，三位大真人是为副掌教，在大掌教空缺或者暂时无法履行职权时，三位副掌教轮流代行大掌教权柄，重大事宜则由三位副掌教共商而决。
三十六位真人拥有推举大掌教的资格，也拥有被推举成为大掌教或者副掌教的资格，地位尊崇，在道门位于第三层级，仅次于大掌教和三位大真人。
先前李玄都封玄真大长公主为玉盈真人，又封上官莞为栖霞真人，便在三十六位真人之列。
李玄都深知事情不能一蹴而就，先前的道门散落成二十余个宗门，现在想要一下子便将二十个宗门整合成道门是不现实的，故而他决定暂缓一步，效仿儒门的理学、心学之分，在宗门和道门之间恢复“道”一级，也就是太平道、正一道、全真道，分别对应三位大真人，三位大真人既是副掌教，又是三道首领。
正邪两道二十二个宗门，除去无道宗、道种宗、金刚宗、真言宗，还有十八个宗门。再除去静禅宗这个佛门宗派，还有十七宗，李玄都打算将蜀山剑派、唐家堡递补进来，并将两家以及其他蜀州势力合作一家，称蜀山宗，将天乐宗、浑天宗、真传宗等几个小宗并入忘情宗中，统称真传宗，总共十五个宗门。
如此便是三道十五宗，每道五个宗门。
按照李玄都的设想，太平道包括清微宗、太平宗、补天宗、皂阁宗、牝女宗。正一道包括正一宗、慈航宗、法相宗、蜀山宗、真传宗。全真道包括阴阳宗、妙真宗、东华宗、神霄宗、玄女宗。
太平道作为李玄都的嫡系，同时拥有清微宗和补天宗两大宗门，又有太平宗这个财神爷，最为势大。
正一道中的蜀山宗、真传宗皆是几方势力整合而成，实际数目远不止五宗之数，又有慈航宗这个财神爷，再加上正一宗这个老牌大宗，也不逊色太多。
如此一来，全真道虽然拥有阴阳宗这个大宗，但还是最为势弱，李玄都为平衡三方势力，将巫咸、陈眠、纳兰絮、玉盈真人归入全真道之中，使全真道不逊于另外两道。
三道之间，你中有我、我中有你，就如划分州界，犬牙交错，使其不能形成独立割据之势。
再有就是三位大真人的人选，李道虚和张静修已经飞升离世，秦清登基称帝之后，也不再适合担任大真人，李玄都则要出任大掌教，三位大真人的人选便要从一众宗主中挑选。
首先是太平道大真人，李玄都要选一个能够同时压服清微宗和补天宗之人，除了李玄都本人之外，秦素是不二人选。
其次是正一道大真人，因为白绣裳已经成为皇后的缘故，执掌两大仙物的大天师张鸾山无论身份资历还是境界修为，都是最合适人选。
最后是全真大大真人，李玄都决定让上官莞以地师身份出任，一则是因为上官莞立有大功，二则是上官莞境界修为极高，三则是上官莞更为年轻。同时李玄都决定保留上官莞的栖霞真人身份，这是秦素和张鸾山不能相比的。
至于张鸾山和上官莞的联姻，考虑到两人的境界修为，多半没有子嗣，倒是不怕两人会形成世袭门阀。
为此，李玄都还专门询问过上官莞的意见，上官莞得知自己能够出任大真人后，大喜过望，主动提出将栖霞真人的名号让给姚湘怜，李玄都考虑之后，同意下来。
李玄都又征求其他人意见之后，初步草拟了除去三位大真人和出仕之人的三十六位真人的人选：张海石、李非烟、陆雁冰、云承宗、宁忆、沈元舟、陆时盈、兰玄霜、柳玉霜、冷夫人、陆时贞、司徒玄略、颜飞卿、苏云媗、张岱山、左雨寒、齐饮冰、唐婉、楼心卿、谷玉笙、百媚娘、姚湘怜、陈眠、纳兰絮、玉盈真人、万寿真人、太微真人、三玄真人、李世兴、钟梧、王仲甫、慕容画、萧时雨、玉清宁、季叔夜、石无月。
其余齐王门客、部分明官、部分客栈成员、李太一、裴玉等人，则打算出仕，进入大玄朝廷。